Le règlement intérieur de l'université, adopté par le conseil d'université du 25 septembre 2020, prévoit, à l'article 17 qu'UNÎMES regroupe quatre départements :
Chaque département est doté d'un conseil qui assiste le directeur ou la directrice de département, élu pour 4 ans, dans ses attributions. En s'appuyant sur le conseil, le directeur ou la directrice est chargé.e de l'organisation du département et de son fonctionnement (emplois, questions pédagogiques, budget, activités de recherche…).
Conseil de la recherche
Conseil de la formation
Conseil de la vie étudiante
